NISAは安定的な資産形成を支援するため、目的に制限はなく、使い道は自由です。一方、iDeCoは主に老後の資金づくりを目的とした私的年金制度となっています。

NISAは日本に住む18歳以上であれば誰でも利用できます。一方、iDeCoの加入対象者は、原則20歳以上65歳未満の公的年金の被保険者です。ただし、被保険者でもiDeCoの老齢給付金を受給している方や受給したことのある方、老齢基礎年金または老齢厚生年金を繰り上げ受給^※している方は加入ができません。

• ※ 公的年金の繰り上げにおいては、原則として老齢基礎年金と老齢厚生年金は同時に繰り上げられます

NISAはつみたて投資枠と成長投資枠をあわせて年間最大360万円まで利用できます。一方、iDeCoの年間拠出上限は、加入者の職業や勤務先の企業年金の有無によって異なります。自営業者などは81万6,000円、会社員や公務員は24万円～27万6,000円、専業主婦（夫）は27万6,000円までとなっており、NISAの方が1年間に投資できる金額が大きいことがわかります。

NISAの非課税保有限度額は1,800万円、そのうち成長投資枠は限度額が1,200万円です。ただし、投資していた商品を売却すればその分の枠が空き、翌年以降に年間投資枠を上限としながら空いた枠を再度利用することができます。一方、iDeCoには、非課税保有限度額の定めがありません。
iDeCoでは老齢給付金の受給を開始するまで（最長75歳まで）は、口座内で投資商品を自由に売買できますが、原則として60歳になるまで途中解約はできません。

NISAのつみたて投資枠で投資できる商品は、長期・積立・分散投資に適しているとして金融庁が定める要件を満たす投資信託に限定されています。基本的に、手数料が安く初心者が選びやすい商品が多いのが特徴です。成長投資枠では、投資信託に加えて、株式やETF^※1、REIT^※2などが購入できます。こちらもリスクが高すぎる商品や長期の資産形成に向かない商品は除外されるなど、NISAの目的である「安定的な資産形成を行なう」ために一定の要件が設けられています。
一方、iDeCoの運用商品は定期預金や保険商品など元本が確保されている「元本確保型商品」と、「投資信託」の二つに分類されます。iDeCoは、金融機関ごとに3～35種類の運用商品を取り扱っており、その商品ラインナップは大きく異なるため、金融機関を選ぶ際は比較検討することが必要です。

• ※1 ETF（上場投資信託）：株や債券などにまとめて投資でき、株式のように取引所で売買可能
• ※2 REIT（不動産投資信託）：オフィスビルやマンションなどの不動産に投資できる投資信託

NISAはいつでも引き出すことができます。
一方、iDeCoは60歳から75歳の間で受取開始年齢や受取方法を選びます。また、60歳でiDeCoを受け取る場合は、それまでにiDeCoに加入していた期間（掛金を拠出していた期間）が10年以上必要です。10年に満たない場合は、受給可能となる年齢が最大65歳まで繰り下げられるため注意が必要です。

NISAは口座の開設や維持などの手数料はかかりません。
一方iDeCoは、加入時・運用時・受取時にそれぞれ手数料がかかります。特に注意したいのは、定期預金など「元本が減らない商品」を選んだ場合、手数料が運用で得られる利益よりも大きくなる「手数料負け」が起きる可能性があります。特に所得控除が少ない場合などは、その分資産が減ってしまうこともあります。そのため、iDeCoを利用する際は、手数料の安い金融機関を選んだり、投資信託と組み合わせたりと長期的に資産を増やす工夫が必要です。
また、NISAとiDeCo、どちらも購入する投資商品によっては信託報酬や信託財産留保額などのコストが発生します。またNISAの成長投資枠対象商品には、購入時手数料がかかるものもあります。

どちらも運用益が非課税になる点は共通していますが、iDeCoはさらに積立時の掛金が全額所得控除の対象となり、受取時にも大きな控除があるなど、iDeCoの方が税制面で優遇されています。